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Considerada una de las más importantes áreas protegidas del mundo debido a su alta biodiversidad por la presencia de especies endémicas que vienen de la provincia natural del Chocó.

La Reserva esta dividida en dos regiones: la zona baja que se extiende desde los límites andinos en dirección a la llanura costanera y encierra ríos caudalosos que en su recorrido pierden fuerza y se abren paso por una vegetación selvática.

La zona alta se encuentra en la provincia de Imbabura y asciende hacia los altos Andes.


La ubicación de la Reserva, junto con el rango altitudinal que abarca, son los motivos principales para tan alta biodiversidad; esta zona encierra uno de los ecosistemas más ricos del planeta.


Ubicación


Se encuentra a 12 Km. de Cotacachi, en las zonas andina y subtropical de Intag. Comprende las provincias de Imbabura y Esmeraldas.

Extensión


Tiene una extensión de 204.420 hectáreas y fue creada el 29 de agosto de 1.968


Clima


En la zona baja registra una temperatura promedio de 25º C. y en la zona alta con una temperatura de 15º C.

Fauna


La zona baja es el hábitat de animales como oso de anteojos, guanta, guatusa, tapires, tigrillos, osos hormigueros, nutrias, tutamono, boas y jaguares.
   
La fauna en la zona alta es por ende típica de las zonas frías, es común observar lobos de páramo, venados, conejos y aves como curiquingues y guarros.
• Especies en Extinción: En la zona alta también es posible observar aunque con algo de dificultad los pumas, armadillos y cóndores que por supuesto también habitan este ecosistema.

En la zona baja existe vegetación selvática inaccesible a través de árboles valiosos por su madera como caoba, guayacán, roble y balsa. Matapalos abrazando otros árboles son fáciles de encontrar así como varias especies de las más
espectaculares orquídeas, bromelias y helechos.
La zona alta da paso a las especies vegetales andinas típicas como pumamaqui, quishuar, romerillo y páramo. Incluso la chuquiragua se puede encontrar en las partes altas del volcán Cotacachi.
Atractivos
Laguna de Cuicocha: Está dentro de la Reserva Ecológica Cotacachi-Cayapas es el sitio más visitado por la buena accesibilidad que tiene. Esta laguna es conocida como laguna de los Dioses o Tsui - Cocha y es de origen cratérico. Detalles
Volcán Cotacachi: Este volcán ha sido objeto de numerosas visitas y estudios científicos por parte de geólogos conocidos como Wolf, Wimper, Stubel y La Condamine. Es el único volcán con presencia de nieve en la provincia, es llamado por el pueblo quechua Huarmi Raso o Cerro Hembra. Detalles
Lagunas de Piñan: Es un conjunto lacustre de origen glaciar, compuesto por lagunas permanentes de diferentes tamaños que en temporada de invierno se llegan a contabilizar hasta 35 lagunillas, siendo las más grandes la de Donoso y Yanacocha. Estos bosques son refugio de fauna y productores de agua, en donde se presenta un alto grado de epifitismo y forman parte de un área protegida cubierta de vegetación andina. Detalles
Cordillera de Toisán: Es un sector de bosque nublado importante por su composición florística y gran diversidad de fauna especialmente de aves. Este lugar es de muy difícil acceso aunque los paisajes de bosques vírgenes que se
 
pueden apreciar en la zona valen la pena, especialmente si decide atravesar y descender por sus pendientes occidentales hacia los ríos Las Piedras o Rumiyacu.
Cordillera de Lachas: Es una zona de bosque húmedo tropical valiosa por su alto endemismo y diversidad preservados prácticamente sin intervención gracias a lo complicado del terreno y al control ejercido sobre este sector. La flora y fauna tropical pueden ser observadas aquí en una de sus formas más puras.
El acceso se lo hace partiendo de Lita al norte de la Reserva sobre la carretera Ibarra-San Lorenzo. Desde aquí se inicia una caminata de aproximadamente seis horas hasta llegar al limite del área sobre la cordillera secundaria de Lachas, donde es posible acampar.
También se puede acceder saliendo de la población de El Placer un poco más al noroeste sobre la misma vía Ibarra-San Lorenzo. Una caminata de tres horas conduce al sector de río Negro en esta misma cordillera. Desde Ibarra es posible utilizar el ferrocarril para llegar a Lita o a El Placer.